研究院是深圳市政府和清华大学于1996年12月共建的、以企业化方式运作的事业单位，实行理事会领导下的院长负责制。
研究院恪守着清华“自强不息，厚德载物”的校训，秉承了深圳“敢闯敢试，兼容并蓄”的精神，以体制机制创新为核心，在实践中形成了独具特色的发展理念，确立了行之有效的发展战略，各项工作持续不断地取得了令人瞩目的进展与成绩。
20多年来，以机制体制创新为核心，以学校与地方、研发与孵化、科技与金融、国内与海外的“四个结合”为抓手，以研发平台、创新基地、投资孵化、科技金融、国际合作和人才培养六大板块的建设为基本内容，定位于“科技研发——推出自主创新的应用成果”、“成果转化——加速科技成果产业化”、“企业孵化——孵化高新技术企业”、“人才培养——培养高层次人才”四个职能，深圳清华大学研究院打造了产学研深度融合的科技创新孵化体系，全方位孵化科技成果、项目、企业、人才，实现了创新价值的循环增值。
